MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Rahnella sp. Y9602 chromosome

Total Repeats: 98898

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015061	A	6	6	2	7	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015061	CTTTT	2	10	18	27	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_015061	T	6	6	24	29	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015061	CCG	2	6	50	55	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	322830734
5	NC_015061	GCA	2	6	72	77	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830734
6	NC_015061	ATA	2	6	224	229	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	322830734
7	NC_015061	GCTT	2	8	236	243	0 %	50 %	25 %	25 %	322830734
8	NC_015061	TGC	2	6	272	277	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830734
9	NC_015061	GCA	2	6	290	295	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830734
10	NC_015061	CAGC	2	8	315	322	25 %	0 %	25 %	50 %	322830734
11	NC_015061	CG	3	6	493	498	0 %	0 %	50 %	50 %	322830734
12	NC_015061	GCG	3	9	496	504	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	322830734
13	NC_015061	TGG	2	6	555	560	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	322830734
14	NC_015061	CAT	2	6	606	611	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	322830734
15	NC_015061	GC	3	6	613	618	0 %	0 %	50 %	50 %	322830734
16	NC_015061	GTG	2	6	634	639	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	322830734
17	NC_015061	AAC	2	6	688	693	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	322830734
18	NC_015061	TTC	2	6	790	795	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	322830734
19	NC_015061	CTG	2	6	811	816	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830734
20	NC_015061	CAG	2	6	826	831	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830734
21	NC_015061	ATC	2	6	832	837	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	322830734
22	NC_015061	AGA	2	6	876	881	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	322830734
23	NC_015061	GCC	2	6	927	932	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	322830734
24	NC_015061	TGA	2	6	959	964	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	322830734
25	NC_015061	CGA	2	6	972	977	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830734
26	NC_015061	CTT	2	6	1008	1013	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	322830734
27	NC_015061	TTCG	2	8	1114	1121	0 %	50 %	25 %	25 %	322830734
28	NC_015061	ATA	2	6	1172	1177	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	322830734
29	NC_015061	GCCC	2	8	1252	1259	0 %	0 %	25 %	75 %	322830734
30	NC_015061	GATGGC	2	12	1266	1277	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	322830734
31	NC_015061	ACCA	2	8	1294	1301	50 %	0 %	0 %	50 %	322830734
32	NC_015061	GGT	2	6	1330	1335	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	322830734
33	NC_015061	GAA	2	6	1387	1392	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	322830734
34	NC_015061	AGA	2	6	1407	1412	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	322830734
35	NC_015061	TTG	2	6	1461	1466	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	322830735
36	NC_015061	AGT	2	6	1502	1507	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	322830735
37	NC_015061	GAC	2	6	1518	1523	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830735
38	NC_015061	TTA	2	6	1550	1555	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	322830735
39	NC_015061	GC	3	6	1569	1574	0 %	0 %	50 %	50 %	322830735
40	NC_015061	TGG	2	6	1608	1613	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	322830735
41	NC_015061	CCA	2	6	1650	1655	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	322830735
42	NC_015061	CGA	2	6	1807	1812	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830735
43	NC_015061	CGTT	2	8	1900	1907	0 %	50 %	25 %	25 %	322830735
44	NC_015061	ATT	2	6	1908	1913	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	322830735
45	NC_015061	GAA	2	6	1943	1948	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	322830735
46	NC_015061	CGAC	2	8	1962	1969	25 %	0 %	25 %	50 %	322830735
47	NC_015061	GCA	2	6	2106	2111	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830735
48	NC_015061	CGC	2	6	2183	2188	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	322830735
49	NC_015061	GCAG	2	8	2218	2225	25 %	0 %	50 %	25 %	322830735
50	NC_015061	AGA	2	6	2356	2361	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	322830735
51	NC_015061	CAGT	2	8	2509	2516	25 %	25 %	25 %	25 %	322830735
52	NC_015061	CGG	2	6	2517	2522	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	322830735
53	NC_015061	ACTG	2	8	2642	2649	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
54	NC_015061	CGA	2	6	2650	2655	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_015061	TAG	2	6	2673	2678	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015061	GGC	2	6	2723	2728	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	322830736
57	NC_015061	GGTC	2	8	2762	2769	0 %	25 %	50 %	25 %	322830736
58	NC_015061	CGG	2	6	2906	2911	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	322830736
59	NC_015061	TGC	2	6	3013	3018	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830736
60	NC_015061	CGG	2	6	3059	3064	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	322830736
61	NC_015061	CGG	2	6	3075	3080	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	322830736
62	NC_015061	GTT	2	6	3097	3102	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	322830736
63	NC_015061	TCA	2	6	3104	3109	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	322830736
64	NC_015061	T	7	7	3119	3125	0 %	100 %	0 %	0 %	322830736
65	NC_015061	AGC	2	6	3157	3162	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830736
66	NC_015061	CGC	2	6	3167	3172	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	322830736
67	NC_015061	GC	3	6	3301	3306	0 %	0 %	50 %	50 %	322830736
68	NC_015061	TTTC	2	8	3334	3341	0 %	75 %	0 %	25 %	322830736
69	NC_015061	TG	3	6	3514	3519	0 %	50 %	50 %	0 %	322830736
70	NC_015061	GCGG	2	8	3559	3566	0 %	0 %	75 %	25 %	322830736
71	NC_015061	TCT	2	6	3578	3583	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	322830736
72	NC_015061	CCGA	2	8	3610	3617	25 %	0 %	25 %	50 %	322830736
73	NC_015061	GCTG	2	8	3626	3633	0 %	25 %	50 %	25 %	322830736
74	NC_015061	ATG	2	6	3699	3704	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	322830736
75	NC_015061	CTC	2	6	3804	3809	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	322830737
76	NC_015061	CAC	2	6	3895	3900	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	322830737
77	NC_015061	CGA	2	6	3930	3935	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830737
78	NC_015061	GAT	2	6	4003	4008	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	322830737
79	NC_015061	GAA	2	6	4036	4041	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	322830737
80	NC_015061	CTG	2	6	4052	4057	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830737
81	NC_015061	TTC	2	6	4076	4081	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	322830737
82	NC_015061	TGG	2	6	4086	4091	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	322830737
83	NC_015061	CGA	2	6	4098	4103	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830737
84	NC_015061	CGG	2	6	4122	4127	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	322830737
85	NC_015061	CGT	2	6	4149	4154	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830737
86	NC_015061	CCG	2	6	4188	4193	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	322830737
87	NC_015061	CA	3	6	4321	4326	50 %	0 %	0 %	50 %	322830737
88	NC_015061	CTG	2	6	4399	4404	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830737
89	NC_015061	AACAAA	2	12	4474	4485	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	322830737
90	NC_015061	ATCC	2	8	4492	4499	25 %	25 %	0 %	50 %	322830737
91	NC_015061	GTTGC	2	10	4546	4555	0 %	40 %	40 %	20 %	322830737
92	NC_015061	ATG	2	6	4562	4567	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	322830737
93	NC_015061	CAA	2	6	4596	4601	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	322830737
94	NC_015061	AAG	2	6	4682	4687	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	322830737
95	NC_015061	TCT	2	6	4810	4815	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	322830737
96	NC_015061	TGA	2	6	4841	4846	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	322830737
97	NC_015061	TGG	2	6	4856	4861	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	322830737
98	NC_015061	ATC	2	6	4909	4914	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	322830737
99	NC_015061	GC	4	8	4921	4928	0 %	0 %	50 %	50 %	322830737
100	NC_015061	AGC	2	6	4935	4940	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830737
101	NC_015061	CCG	2	6	4962	4967	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	322830737
102	NC_015061	CTGG	2	8	4984	4991	0 %	25 %	50 %	25 %	322830737
103	NC_015061	GCGG	2	8	5068	5075	0 %	0 %	75 %	25 %	322830737
104	NC_015061	CCGTAA	2	12	5091	5102	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	322830737
105	NC_015061	GC	3	6	5152	5157	0 %	0 %	50 %	50 %	322830737
106	NC_015061	CT	3	6	5170	5175	0 %	50 %	0 %	50 %	322830737
107	NC_015061	CAT	4	12	5262	5273	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	322830737
108	NC_015061	CA	3	6	5297	5302	50 %	0 %	0 %	50 %	322830737
109	NC_015061	TTC	2	6	5323	5328	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	322830737
110	NC_015061	A	6	6	5398	5403	100 %	0 %	0 %	0 %	322830737
111	NC_015061	GAT	2	6	5428	5433	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	322830737
112	NC_015061	TGG	2	6	5534	5539	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	322830737
113	NC_015061	CGT	2	6	5581	5586	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830737
114	NC_015061	GCT	2	6	5598	5603	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830737
115	NC_015061	CG	3	6	5688	5693	0 %	0 %	50 %	50 %	322830737
116	NC_015061	AGC	2	6	5708	5713	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830737
117	NC_015061	CGTG	2	8	5736	5743	0 %	25 %	50 %	25 %	322830737
118	NC_015061	AC	3	6	5788	5793	50 %	0 %	0 %	50 %	322830737
119	NC_015061	TTCA	2	8	5827	5834	25 %	50 %	0 %	25 %	322830737
120	NC_015061	GAA	2	6	5890	5895	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	322830737
121	NC_015061	CGT	2	6	5977	5982	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830737
122	NC_015061	ACC	2	6	6043	6048	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	322830737
123	NC_015061	AAC	2	6	6059	6064	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	322830737
124	NC_015061	GCT	2	6	6100	6105	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830737
125	NC_015061	GTT	2	6	6111	6116	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	322830737
126	NC_015061	T	9	9	6250	6258	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015061	GGCT	2	8	6281	6288	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
128	NC_015061	AATT	2	8	6355	6362	50 %	50 %	0 %	0 %	322830738
129	NC_015061	GCA	2	6	6395	6400	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830738
130	NC_015061	A	6	6	6420	6425	100 %	0 %	0 %	0 %	322830738
131	NC_015061	CCGT	2	8	6476	6483	0 %	25 %	25 %	50 %	322830738
132	NC_015061	TCG	2	6	6484	6489	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830738
133	NC_015061	CAG	2	6	6522	6527	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830738
134	NC_015061	GTT	2	6	6532	6537	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	322830738
135	NC_015061	CAA	2	6	6548	6553	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	322830738
136	NC_015061	GC	3	6	6556	6561	0 %	0 %	50 %	50 %	322830738
137	NC_015061	ACT	2	6	6625	6630	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	322830738
138	NC_015061	CAC	2	6	6737	6742	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	322830738
139	NC_015061	ATG	2	6	6807	6812	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	322830738
140	NC_015061	TCAG	2	8	6844	6851	25 %	25 %	25 %	25 %	322830738
141	NC_015061	CTG	2	6	6856	6861	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830738
142	NC_015061	CAT	2	6	6881	6886	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	322830738
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144	NC_015061	TGA	2	6	6988	6993	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	322830738
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146	NC_015061	GGCGT	2	10	7119	7128	0 %	20 %	60 %	20 %	322830738
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154	NC_015061	CAT	2	6	7721	7726	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	322830739
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178	NC_015061	AAGC	2	8	8947	8954	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
179	NC_015061	TCA	2	6	9064	9069	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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182	NC_015061	T	6	6	9094	9099	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_015061	ACG	2	6	9139	9144	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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186	NC_015061	TCA	2	6	9176	9181	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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210	NC_015061	TATT	2	8	10316	10323	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
211	NC_015061	TGA	2	6	10368	10373	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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231	NC_015061	ATA	2	6	11213	11218	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
232	NC_015061	ATAA	2	8	11281	11288	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
233	NC_015061	T	8	8	11294	11301	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
234	NC_015061	A	6	6	11312	11317	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
235	NC_015061	TA	4	8	11336	11343	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
236	NC_015061	T	7	7	11355	11361	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
237	NC_015061	GAAT	2	8	11362	11369	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
238	NC_015061	GT	3	6	11370	11375	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
239	NC_015061	ATAA	2	8	11396	11403	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
240	NC_015061	ATG	2	6	11408	11413	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
241	NC_015061	TCC	2	6	11489	11494	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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264	NC_015061	CGT	2	6	12553	12558	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830745
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266	NC_015061	AAT	2	6	12619	12624	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	322830745
267	NC_015061	CCG	3	9	12654	12662	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	322830745
268	NC_015061	GCGT	2	8	12679	12686	0 %	25 %	50 %	25 %	322830745
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270	NC_015061	CCA	2	6	12799	12804	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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400	NC_015061	T	6	6	18593	18598	0 %	100 %	0 %	0 %	322830750
401	NC_015061	CTT	2	6	18616	18621	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
402	NC_015061	CTG	2	6	18724	18729	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830751
403	NC_015061	CCG	2	6	18772	18777	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	322830751
404	NC_015061	CGC	2	6	18846	18851	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	322830751
405	NC_015061	GTT	2	6	18854	18859	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	322830751
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409	NC_015061	TGG	2	6	19001	19006	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	322830751
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430	NC_015061	CTT	2	6	19710	19715	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	322830751
431	NC_015061	ATG	2	6	19735	19740	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	322830751
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433	NC_015061	ATG	2	6	19864	19869	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	322830751
434	NC_015061	GAA	2	6	19881	19886	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	322830751
435	NC_015061	T	6	6	20007	20012	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
436	NC_015061	GTT	2	6	20013	20018	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	322830752
437	NC_015061	TTC	2	6	20026	20031	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	322830752
438	NC_015061	CAG	3	9	20038	20046	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830752
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442	NC_015061	AC	3	6	20241	20246	50 %	0 %	0 %	50 %	322830752
443	NC_015061	CG	3	6	20293	20298	0 %	0 %	50 %	50 %	322830752
444	NC_015061	TCG	2	6	20339	20344	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830752
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451	NC_015061	TTG	2	6	20540	20545	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	322830752
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455	NC_015061	CCG	2	6	20684	20689	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	322830752
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458	NC_015061	CGT	2	6	20841	20846	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830752
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464	NC_015061	GCGCG	2	10	21117	21126	0 %	0 %	60 %	40 %	322830752
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471	NC_015061	GC	3	6	21470	21475	0 %	0 %	50 %	50 %	322830752
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480	NC_015061	GGT	2	6	21835	21840	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	322830752
481	NC_015061	TCA	2	6	21857	21862	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	322830752
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489	NC_015061	ACCG	2	8	22398	22405	25 %	0 %	25 %	50 %	322830753
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499	NC_015061	CGC	2	6	22966	22971	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	322830753
500	NC_015061	CGG	2	6	23137	23142	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	322830753

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